Au 19ème siècle, le bâtiment a complètement changé de fonction. Les Autrichiens, qui étaient stationnés à Cracovie à cette époque, y établirent une prison. Paradoxalement, le lieu hérita du nom de monastère et prit le nom de prison Saint-Michel. Il a été fermé après la Seconde Guerre mondiale et le musée archéologique a été créé ici. L'attraction la plus célèbre est la statue de Światowid - un dieu païen à quatre visages des IXe et Xe siècles, découvert en 1848 à Zbrucz.